System MassARRAY

Agena Biosciences (Sequenom)

Dedykowany do wysokoprzepustowej analizy kwasów nukleinowych metodą spektrometrii mas MALDI-TOF (ang. Matrix Assisted Laser Desorption and Ionisation - Time Of Flight). Pozwala rozdzielać oligonukleotydy różniące się masą o 15Da. Aparat może posiadać 4 różne moduły:

1. moduł Typer do analizy SNP
2. moduł EpiTyper do metyzacji DNA
3. moduł QGE do pomiarów ekspresji genów
4. moduł iSEQ do identyfikacji mikroorganizmów

Instytut posiada pierwszy z nich (Typer). Urządzenie umożliwia multipleksowanie do 40 SNP w jednej próbie.  Wysoka czułość aparatu pozwala analizować mutacje somatyczne,  występujące z  częstością zaledwie 0,1% w 96 próbach jednocześnie. Do przeprowadzenia analizy wystarcza 5 ng DNA.

Osoba do kontaktu:       Prof. dr hab. Tadeusz Malewski

                                              This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

                                               22 629 32 21 wew. 118

Blue Pippin

Aparat z grupy Pippin DNA system (Sage Science), służący do elektroforetycznego rozdziału i elucji określonego zakresu długości fragmentów DNA lub cDNA. Usprawnia i optymalizuje procedurę przygotowania bibliotek do sekwencjonowania nowej generacji (NGS), umożliwiając ograniczenie insertów DNA do określonego zakresu długości.

Dostępne są kasety o różnej procentowości żelu agarozowego, co daje dużą elastyczność wyboru zakresów wielkości przygotowywanych bibliotek.

Prosty sposób przygotowywania prób do frakcjonowania i ich odzyskania po elucji, pozwala
na zmniejszenie nakładu pracy związanego z selekcją fragmentów DNA lub cDNA żądanej długości.

Osoba do kontaktu:

dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

22 629 32 21 wew. 156

Bioanalyzer (Agilent Technologies)

Urządzenie bazujące na technologii Microfluidics (łączącej elektroforezę mikrokapilarną, mikropłynów, mikroczipów i detekcji fluorescencyjnej), służące do automatycznej elektroforezy kapilarnej DNA lub RNA. Pomiar urządzenia cechuje wysoka powtarzalność.
Do jego wykonania wystarczą niewielkie ilości materiału.

Urządzenie służy do jakościowych i ilościowych analiz DNA lub RNA (w tym określania integralności RNA) jak również do określenia długości poszczególnych frakcji kwasów nukleinowych na podstawie elektroforetogramu.

Bionalyzer polecany jest przez firmę illumina oraz PacBio® do oceny bibliotek przygotowywanych
do sekwencjonowania.

MiIZ PAN poza urządzeniem Bioanalyzer posiada również urządzenia do precyzyjnego pomiaru ilości DNA lub RNA – Quantus™ Fluorometer (Promega) oraz Qubit Fluorometer Quantification (ThermoFisher).

Osoba do kontaktu:

dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

22 629 32 21 wew. 156

Skaner do mikromacierzy

LS Reloaded (Tecan)

Uniwersalny, konfokalny skaner umożliwiający skanowanie większości mikromacierzy DNA
oraz mikromacierzy białkowych. Skaner wyposażony jest w cztery lasery (635 nm, 532 nm, 488 nm, 594 nm). Rozdzielczość skanowania wynosi od 4 do 40 mkm.

Osoba do kontaktu:       Prof. dr hab. Tadeusz Malewski

                                              This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

                                               22 629 32 21 wew. 118

Osoba do kontaktu:       Prof. dr hab. Tadeusz Malewski

                                              This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

                                               22 629 32 21 wew. 118

Minolta VI - 9i 3D Laser Scanner This apparatus is capable of transfer ring a three-dimensional image of a given object (of defined parameters – see limitations) to computer memory. The scanner operates on the principle of laser triangulation in which the object is scanned with the aid of a line of laser light whose course is followed by a digital camera. The curvature of the line on the object under study is used as the basis for building up the three-dimensional image. The camera also reads off the colour of the object, which can be added to the model in the form of texture. The object for scanning is placed on a special table and read with the laser as the apparatus rotates through a determined number of degrees. The individual scans are then combined together by reference to characteristic points determined by the operator.

Possibilities

The scanner does not harm the eyes and so may be used to scan human faces. Depending on the size of the object, it is possible to use one of three objectives whose accuracies are as follows:

TELE XYZ: ±0.05mm/ ±0.10mm

MIDDLE XYZ ±0.10mm/ ±0.20mm

WIDE XYZ ±0.20mm/ ±0.40mm

Properties of scanned objects - limitations

• Transparent surfaces or those reflecting laser light must be covered with powder
• Deep-black surfaces are the ideal background colour for the scanner and must also be made subject to defined processes.
• Objects of dimensions greater than 1200/900/750 mm have to be scanned in stages.
• Objects of very complex shapes and sizes over 2 cm must be considered separately.

Sample scans:

3D - PDF files to download

Pelvis bone (10,0 MB)	Skull (6,5 MB)	Pelvis bone (9,2 MB)
Tiba (3,7 MB)	Sacral bone (4,3 MB)	Vertebra (2,3 MB)