SEKWENATORY DNA
Pacific Biosciences RS II System
PacBio RS II jest sekwenatorem trzeciej generacji, wykorzystującym technologię Single Molecule Real Time (SMRT). Dzięki temu w porównaniu z innymi systemami, jak np.: MiSeq Illumina jest w stanie odczytywać bardzo długie sekwencje nukleotydowe (nt). W pojedynczej analizie sekwencjonowania uzyskujemy:
Od 500 Mb do 1Gb danych
Ponad 50,000 sekwencji
Maksymalne długości odczytów, powyżej 40 tysięcy nt
Technologia SMRT pozwala na sekwencjonowanie pojedynczych sekwencji DNA bez koniecznego (np.: w przypadku systemów Illumina) etapu amplifikacji DNA. Dzięki długim odczytom PacBio RS II jest wykorzystywany do:
Sekwencjonowania i asemblacji de novo genomów bakteryjnych
Analizowania zmian epigenetycznych (metylacji DNA)
Sekwencjonowania transkryptomów (Iso-Seq), gdzie dzięki długim odczytom analizowane są całe sekwencje. Pomija się w ogóle proces asemblacji, co pozwala na uniknięcie wielu błędów
Bardzo długie odczyty pozwalają także na „zamykanie” i poprawianie istniejących w bazach sekwencji genomów
analiz metagenomicznych, odczyty całkowitych sekwencji 16S
http://www.pacb.com/products-and-services/pacbio-systems/workflow/
http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/PacBio_RS_II_Brochure.pdf
MiSeq Illumina
Sekwenator MiSeq umożliwia wysokoprzepustowy odczyt sekwencji DNA poprzez wykorzystanie technologii SBS (Sequencing by Synthesis). Na aparacie możliwy jest odczyt sekwencji o długości do 2 x 300 bp i uzyskanie do 15 Gb odczytanych sekwencji z pojedynczego cyklu pracy. Urządzenie przeznaczone jest przede wszystkim do sekwencjonowania wybranych fragmentów genomu (uzyskanych w wyniku amplifikacji czy kierunkowego wzbogacania – „target enrichment”), analiz metagenomicznych, badania ekspresji genów, sekwencjonowania małych genomów czy analiz HLA.
Odczyt sekwencji DNA przy użyciu sekwenatora MiSeq wymaga przygotowania bibliotek DNA w standardzie Illumina (z przyłączeniem odpowiednich sekwencji adapterowych). Analiza uzyskanych danych odbywa się za pomocą oprogramowania BaseSpace w środowisku rozproszonym oraz szerokiej gamy dostępnych komercyjnie i w otwartym dostępie programów po wyeksportowaniu danych do dowolnego komputera.
Osoba do kontaktu: dr Karolina Doan
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. 22 629 32 21 wew. 156
3500 xL Genetic Analyzer Applied Biosystems
Automatyczny, 24-kapilarny sekwenator umożliwiający:
∙ sekwencjonowanie metodą Sangera (produkty do ~ 1300 bp)
∙ multipleksową analizę długości fragmentów DNA (analiza markerów mikrosatelitarnych)
Urządzenie jest skalibrowane i pracuje w systemie:
∙ chemii Z - sekwencjonowanie (Dye set Z)
∙ chemii G5 - analiza długości fragmentów (Dye set G5: VIC, NED, 6FAM, PET + LIZ size standard)
Osoba do kontaktu: dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
22 629 32 21 wew. 156
Sekwenator kapilarny CEQ8000 (Beckman Coulter)
Sekwenator kapilarny CEQ8000 (Beckman Coulter) (The Capillary Electrophoretic (CE) Genetic Analysis System (CEQ)) umożliwia prowadzenie szeregu najczęściej stosowanych analiz DNA, w tym: analizę sekwencji, analizę wielkości fragmentów, analizę AFLP, wykrywanie heterozygot oraz detekcję SNP. Działanie systemu jest w pełni zautomatyzowane i opiera się na laserowo indukowanej fluorescencji w czterech pasmach spektralnych. Zarówno sekwencjonowanie DNA, jak i analiza wielkości fragmentów wymaga zastosowania odczynników do PCR (DTCS Quick Master Mix) i starterów znakowanych fluorochromami firmy Beckman Coulter (WellRED Oligos).
Osoba do kontaktu: dr hab Robert Rutkowski
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
22 629 32 21 wew. 146
