Tradycje Muzeum sięgają początku XIX wieku. W tym właśnie czasie przy Gabinecie Zoologicznym Królewskiego Uniwersytetu Warszawskiego, w Pałacu Kazimierzowskim, przy Krakowskim Przedmieściu powstawały pierwsze wystawy.
Muzeum, urządzone według wzorów dziewiętnastowiecznych cieszyło się dużym uznaniem mieszkańców stolicy. Wystawy pokazywały pospolite gatunki zwierząt ułożone w układzie systematycznym.
Zbiory i sale wystawiennicze zostały wzbogacone licznymi okazami po połączeniu się Gabinetu Zoologicznego i Muzeum Branickich w 1919 r. Zaraz po II wojnie, początkowo zorganizowano wystawę stałą, na którą składał się zestaw okazów należących do wszystkich grup systematycznych zwierząt. Wystawa stanowiła pomoc naukową przy nauczaniu zoologii w szkołach i przez szereg lat spełniała bardzo dobrze swoje zadanie. Z czasem wygospodarowano dodatkowe sale, w których powstawały wystawy czasowe (np. „Tradycje przyjaźni i współpracy w naszej instytucji”, „Filogenia i stanowisko systematyczne gadów”).
W latach 1959-76, w wynajętych salach wystawowych w Pałacu Kultury i Nauki zorganizowano ekspozycję stałą, obejmującą dwa zasadnicze działy kręgowców („Ewolucja zwierząt kręgowych”) i bezkręgowców („Przegląd zwierząt bezkręgowych”). Ponadto zorganizowano wówczas kilka ekspozycji czasowych (np. „Karol Darwin, jego życie i dzieło”, „Ochrona Przyrody”, „Fotografia ornitologiczna”, „Geografia zwierząt”). Wystawa stała i wystawy czasowe organizowane przez pracowników Instytutu zyskały szeroki rozgłos na terenie całego kraju. Dlatego tez w tamtym okresie nawiązała się współpraca z różnymi muzeami w Polsce. W latach 1964-1976 współpracowano z kilkunastoma Muzeami, którym udzielano porad w sprawach merytorycznych i projektów wystaw, wypożyczano i preparowano okazy, udzielano porad i szkoleń. Wiele okazów dla tych placówek spreparowano i wypożyczono.
W latach 1976-1992 działalność wystawiennicza Instytutu została zawieszona. W 1992 r. reaktywowany został Dział Wystaw i Popularyzacji. Dział ten zorganizował dwie wystawy stałe mieszczące się w PKiN (Zwierzęta Ameryki Południowej ze zbiorów Muzeum i Instytutu Zoologii PAN” oraz „Czy ją znamy? - Ziemia środowisko życia”) oraz kilkanaście wystaw czasowych (np. „Kolibry”, „ Muszle Morskie”, „Dzieciństwo ma skrzydła motyla ...” „Wędrówki po niewidzialnym świecie – wystawa przyrodniczej fotografii skaningowej”, „Arka Noego Naszych czasów – wybrane Parki Narodowe Świata”).
