SEKWENATORY DNA

 

 

Pacific Biosciences RS II System

                PacBio RS II jest sekwenatorem trzeciej generacji, wykorzystującym technologię Single Molecule Real Time (SMRT). Dzięki temu w porównaniu z innymi systemami, jak np.: MiSeq Illumina  jest w stanie odczytywać bardzo długie sekwencje nukleotydowe (nt). W pojedynczej analizie sekwencjonowania uzyskujemy:

        Od 500 Mb do 1Gb danych

Ponad 50,000 sekwencji

Maksymalne długości odczytów, powyżej 40 tysięcy nt

Technologia SMRT pozwala na sekwencjonowanie pojedynczych sekwencji DNA bez koniecznego (np.: w przypadku systemów Illumina) etapu amplifikacji DNA. Dzięki długim odczytom PacBio RS II jest wykorzystywany do:

Sekwencjonowania i asemblacji de novo genomów bakteryjnych

Analizowania zmian epigenetycznych (metylacji DNA)

Sekwencjonowania transkryptomów (Iso-Seq), gdzie dzięki długim odczytom analizowane są całe sekwencje. Pomija się w ogóle proces asemblacji, co pozwala na uniknięcie wielu błędów

Bardzo długie odczyty pozwalają także na „zamykanie” i poprawianie istniejących w bazach sekwencji genomów

analiz metagenomicznych, odczyty całkowitych sekwencji 16S

http://www.pacb.com/products-and-services/pacbio-systems/workflow/

http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/PacBio_RS_II_Brochure.pdf

 

 

MiSeq Illumina

Sekwenator MiSeq umożliwia wysokoprzepustowy odczyt sekwencji DNA poprzez wykorzystanie technologii SBS (Sequencing by Synthesis). Na aparacie możliwy jest odczyt sekwencji o długości do 2 x 300 bp i uzyskanie do 15 Gb odczytanych sekwencji z pojedynczego cyklu pracy. Urządzenie przeznaczone jest przede wszystkim do sekwencjonowania wybranych fragmentów genomu (uzyskanych w wyniku amplifikacji czy kierunkowego wzbogacania – „target enrichment”), analiz metagenomicznych, badania ekspresji genów, sekwencjonowania małych genomów czy analiz HLA.

Odczyt sekwencji DNA przy użyciu sekwenatora MiSeq wymaga przygotowania bibliotek DNA w standardzie Illumina (z przyłączeniem odpowiednich sekwencji adapterowych). Analiza uzyskanych danych odbywa się za pomocą oprogramowania BaseSpace w środowisku rozproszonym oraz szerokiej gamy dostępnych komercyjnie i w otwartym dostępie programów po wyeksportowaniu danych do dowolnego komputera.

Osoba do kontaktu:       dr Karolina Doan

                                      Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.                                               22 629 32 21 wew. 156

               

3500 xL Genetic Analyzer Applied Biosystems

Automatyczny, 24-kapilarny sekwenator umożliwiający:

∙         sekwencjonowanie metodą Sangera (produkty do ~ 1300 bp)

∙         multipleksową analizę długości fragmentów DNA (analiza markerów mikrosatelitarnych)

Urządzenie jest skalibrowane i pracuje w systemie:

∙         chemii Z - sekwencjonowanie (Dye set Z)

∙         chemii G5 - analiza długości fragmentów (Dye set G5: VIC, NED, 6FAM, PET + LIZ size standard)

Osoba do kontaktu:       dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka

                                               Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

                                             22 629 32 21 wew. 156

 

Sekwenator kapilarny CEQ8000 (Beckman Coulter)

Sekwenator kapilarny CEQ8000 (Beckman Coulter) (The Capillary Electrophoretic (CE) Genetic Analysis System (CEQ)) umożliwia prowadzenie szeregu najczęściej stosowanych analiz DNA, w tym: analizę sekwencji, analizę wielkości fragmentów, analizę AFLP, wykrywanie heterozygot oraz detekcję SNP. Działanie systemu jest w pełni zautomatyzowane i opiera się na laserowo indukowanej fluorescencji w czterech pasmach spektralnych. Zarówno sekwencjonowanie DNA, jak i analiza wielkości fragmentów wymaga zastosowania odczynników do PCR (DTCS Quick Master Mix) i starterów znakowanych fluorochromami firmy Beckman Coulter (WellRED Oligos).

Osoba do kontaktu:                  dr hab Robert Rutkowski

                                              Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.   

                                              22 629 32 21 wew. 146