Sekwenatory DNA
SEKWENATORY DNA
Pacific Biosciences RS II System
PacBio RS II jest sekwenatorem trzeciej generacji, wykorzystującym technologię Single Molecule Real Time (SMRT). Dzięki temu w porównaniu z innymi systemami, jak np.: MiSeq Illumina jest w stanie odczytywać bardzo długie sekwencje nukleotydowe (nt). W pojedynczej analizie sekwencjonowania uzyskujemy:
Od 500 Mb do 1Gb danych
Ponad 50,000 sekwencji
Maksymalne długości odczytów, powyżej 40 tysięcy nt
Technologia SMRT pozwala na sekwencjonowanie pojedynczych sekwencji DNA bez koniecznego (np.: w przypadku systemów Illumina) etapu amplifikacji DNA. Dzięki długim odczytom PacBio RS II jest wykorzystywany do:
Sekwencjonowania i asemblacji de novo genomów bakteryjnych
Analizowania zmian epigenetycznych (metylacji DNA)
Sekwencjonowania transkryptomów (Iso-Seq), gdzie dzięki długim odczytom analizowane są całe sekwencje. Pomija się w ogóle proces asemblacji, co pozwala na uniknięcie wielu błędów
Bardzo długie odczyty pozwalają także na „zamykanie” i poprawianie istniejących w bazach sekwencji genomów
analiz metagenomicznych, odczyty całkowitych sekwencji 16S
http://www.pacb.com/products-and-services/pacbio-systems/workflow/
http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/PacBio_RS_II_Brochure.pdf
MiSeq Illumina
Sekwenator MiSeq umożliwia wysokoprzepustowy odczyt sekwencji DNA poprzez wykorzystanie technologii SBS (Sequencing by Synthesis). Na aparacie możliwy jest odczyt sekwencji o długości do 2 x 300 bp i uzyskanie do 15 Gb odczytanych sekwencji z pojedynczego cyklu pracy. Urządzenie przeznaczone jest przede wszystkim do sekwencjonowania wybranych fragmentów genomu (uzyskanych w wyniku amplifikacji czy kierunkowego wzbogacania – „target enrichment”), analiz metagenomicznych, badania ekspresji genów, sekwencjonowania małych genomów czy analiz HLA.
Odczyt sekwencji DNA przy użyciu sekwenatora MiSeq wymaga przygotowania bibliotek DNA w standardzie Illumina (z przyłączeniem odpowiednich sekwencji adapterowych). Analiza uzyskanych danych odbywa się za pomocą oprogramowania BaseSpace w środowisku rozproszonym oraz szerokiej gamy dostępnych komercyjnie i w otwartym dostępie programów po wyeksportowaniu danych do dowolnego komputera.
Osoba do kontaktu: dr Karolina Doan
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. 22 629 32 21 wew. 156
3500 xL Genetic Analyzer Applied Biosystems
Automatyczny, 24-kapilarny sekwenator umożliwiający:
∙ sekwencjonowanie metodą Sangera (produkty do ~ 1300 bp)
∙ multipleksową analizę długości fragmentów DNA (analiza markerów mikrosatelitarnych)
Urządzenie jest skalibrowane i pracuje w systemie:
∙ chemii Z - sekwencjonowanie (Dye set Z)
∙ chemii G5 - analiza długości fragmentów (Dye set G5: VIC, NED, 6FAM, PET + LIZ size standard)
Osoba do kontaktu: dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
22 629 32 21 wew. 156
Sekwenator kapilarny CEQ8000 (Beckman Coulter)
Sekwenator kapilarny CEQ8000 (Beckman Coulter) (The Capillary Electrophoretic (CE) Genetic Analysis System (CEQ)) umożliwia prowadzenie szeregu najczęściej stosowanych analiz DNA, w tym: analizę sekwencji, analizę wielkości fragmentów, analizę AFLP, wykrywanie heterozygot oraz detekcję SNP. Działanie systemu jest w pełni zautomatyzowane i opiera się na laserowo indukowanej fluorescencji w czterech pasmach spektralnych. Zarówno sekwencjonowanie DNA, jak i analiza wielkości fragmentów wymaga zastosowania odczynników do PCR (DTCS Quick Master Mix) i starterów znakowanych fluorochromami firmy Beckman Coulter (WellRED Oligos).
Osoba do kontaktu: dr hab Robert Rutkowski
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
22 629 32 21 wew. 146
Automatyczne stacje pipetujące
Automatyczne stacje pipetujące
Microlab Star Line (Hamilton Robotics)
Stacjonarna stacja robocza wykorzystująca wyporność powietrza oraz technologię pipetowania CO-RE. Urządzenie kontroluje działania na każdym etapie procedury - od wprowadzenia prób do ich przetworzenia, gwarantując maximum bezpieczeństwa dla każdej z prób. Umożliwia przetworzenie wielu prób w tym samym czasie, zmniejszając osobowe nakłady czasu pracy i błąd pipetowania
do minimum. Ma bardzo szerokie zastosowanie, tj. izolacja, oczyszczanie DNA, nastawianie reakcji PCR, diagnostyka. Urządzenie opatrzone jest oprogramowaniem zapewniającym kontrolę nad przebiegiem procesu laboratoryjnego.
MiIZ PAN posiada dwie stacje Microlab Star Line: do izolacji DNA i nastawiania reakcji PCR (1) i oczyszczania produktów PCR (2).
Osoba do kontaktu: dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
22 629 32 21 wew. 156
Skaner do mikromacierzy
Skaner do mikromacierzy
LS Reloaded (Tecan)
Uniwersalny, konfokalny skaner umożliwiający skanowanie większości mikromacierzy DNA
oraz mikromacierzy białkowych. Skaner wyposażony jest w cztery lasery (635 nm, 532 nm, 488 nm, 594 nm). Rozdzielczość skanowania wynosi od 4 do 40 mkm.
Osoba do kontaktu: Prof. dr hab. Tadeusz Malewski
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
22 629 32 21 wew. 118
Osoba do kontaktu: Prof. dr hab. Tadeusz Malewski
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
22 629 32 21 wew. 118
Spektrometr mas do DNA
System MassARRAY
Agena Biosciences (Sequenom)
Dedykowany do wysokoprzepustowej analizy kwasów nukleinowych metodą spektrometrii mas MALDI-TOF (ang. Matrix Assisted Laser Desorption and Ionisation - Time Of Flight). Pozwala rozdzielać oligonukleotydy różniące się masą o 15Da. Aparat może posiadać 4 różne moduły:
- moduł Typer do analizy SNP
- moduł EpiTyper do metyzacji DNA
- moduł QGE do pomiarów ekspresji genów
- moduł iSEQ do identyfikacji mikroorganizmów
Instytut posiada pierwszy z nich (Typer). Urządzenie umożliwia multipleksowanie do 40 SNP w jednej próbie. Wysoka czułość aparatu pozwala analizować mutacje somatyczne, występujące z częstością zaledwie 0,1% w 96 próbach jednocześnie. Do przeprowadzenia analizy wystarcza 5 ng DNA.
Osoba do kontaktu: Prof. dr hab. Tadeusz Malewski
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
22 629 32 21 wew. 118
Blue Pippin
Blue Pippin
Aparat z grupy Pippin DNA system (Sage Science), służący do elektroforetycznego rozdziału i elucji określonego zakresu długości fragmentów DNA lub cDNA. Usprawnia i optymalizuje procedurę przygotowania bibliotek do sekwencjonowania nowej generacji (NGS), umożliwiając ograniczenie insertów DNA do określonego zakresu długości.
Dostępne są kasety o różnej procentowości żelu agarozowego, co daje dużą elastyczność wyboru zakresów wielkości przygotowywanych bibliotek.
Prosty sposób przygotowywania prób do frakcjonowania i ich odzyskania po elucji, pozwala
na zmniejszenie nakładu pracy związanego z selekcją fragmentów DNA lub cDNA żądanej długości.
Osoba do kontaktu:
dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
22 629 32 21 wew. 156
Bioanalyzer (Agilent Technologies)
Urządzenie bazujące na technologii Microfluidics (łączącej elektroforezę mikrokapilarną, mikropłynów, mikroczipów i detekcji fluorescencyjnej), służące do automatycznej elektroforezy kapilarnej DNA lub RNA. Pomiar urządzenia cechuje wysoka powtarzalność.
Do jego wykonania wystarczą niewielkie ilości materiału.
Urządzenie służy do jakościowych i ilościowych analiz DNA lub RNA (w tym określania integralności RNA) jak również do określenia długości poszczególnych frakcji kwasów nukleinowych na podstawie elektroforetogramu.
Bionalyzer polecany jest przez firmę illumina oraz PacBio® do oceny bibliotek przygotowywanych
do sekwencjonowania.
MiIZ PAN poza urządzeniem Bioanalyzer posiada również urządzenia do precyzyjnego pomiaru ilości DNA lub RNA – Quantus™ Fluorometer (Promega) oraz Qubit Fluorometer Quantification (ThermoFisher).
Osoba do kontaktu:
dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
22 629 32 21 wew. 156
