foto Piotr Ślipiński

Sekwenatory DNA

               

3500 xL Genetic Analyzer Applied Biosystems

Automatyczny, 24-kapilarny sekwenator umożliwiający:

·         sekwencjonowanie metodą Sangera (produkty do ~ 1300 bp)

·         multipleksową analizę długości fragmentów DNA (analiza markerów mikrosatelitarnych)

 

Urządzenie jest skalibrowane i pracuje w systemie:

·         chemii Z - sekwencjonowanie (Dye set Z)

·         chemii G5 - analiza długości fragmentów (Dye set G5: VIC, NED, 6FAM, PET + LIZ size standard)

Osoba do kontaktu:       dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka

                                               Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

                                               22 629 32 21 wew. 156

 

MiSeq Illumina

Sekwenator MiSeq umożliwia wysokoprzepustowy odczyt sekwencji DNA poprzez wykorzystanie technologii SBS (Sequencing by Synthesis). Na aparacie możliwy jest odczyt sekwencji o długości do 2 x 300 bp i uzyskanie do 15 Gb odczytanych sekwencji z pojedynczego cyklu pracy. Urządzenie przeznaczone jest przede wszystkim do sekwencjonowania wybranych fragmentów genomu (uzyskanych w wyniku amplifikacji czy kierunkowego wzbogacania – „target enrichment”), analiz metagenomicznych, badania ekspresji genów, sekwencjonowania małych genomów czy analiz HLA.

Odczyt sekwencji DNA przy użyciu sekwenatora MiSeq wymaga przygotowania bibliotek DNA w standardzie Illumina (z przyłączeniem odpowiednich sekwencji adapterowych). Analiza uzyskanych danych odbywa się za pomocą oprogramowania BaseSpace w środowisku rozproszonym oraz szerokiej gamy dostępnych komercyjnie i w otwartym dostępie programów po wyeksportowaniu danych do dowolnego komputera.

Osoba do kontaktu:       dr Martyna Molak - Tomsia

                                               Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

                                               22 629 32 21 wew. 156


 

Pacific Biosciences RS II System

                PacBio RS II jest sekwenatorem trzeciej generacji, wykorzystującym technologię Single Molecule Real Time (SMRT). Dzięki temu w porównaniu z innymi systemami, jak np.: MiSeq Illumina  jest w stanie odczytywać bardzo długie sekwencje nukleotydowe (nt). W pojedynczej analizie sekwencjonowania uzyskujemy:

Od 500 Mb do 1Gb danych

Ponad 50,000 sekwencji

Maksymalne długości odczytów, powyżej 40 tysięcy nt

Technologia SMRT pozwala na sekwencjonowanie pojedynczych sekwencji DNA bez koniecznego (np.: w przypadku systemów Illumina) etapu amplifikacji DNA. Dzięki długim odczytom PacBio RS II jest wykorzystywany do:

Sekwencjonowania i asemblacji de novo genomów bakteryjnych

Analizowania zmian epigenetycznych (metylacji DNA)

Sekwencjonowania transkryptomów (Iso-Seq), gdzie dzięki długim odczytom analizowane są całe sekwencje. Pomija się w ogóle proces asemblacji, co pozwala na uniknięcie wielu błędów

Bardzo długie odczyty pozwalają także na „zamykanie” i poprawianie istniejących w bazach sekwencji genomów

Analiz metagenomicznych, odczyty całkowitych sekwencji 16S

http://www.pacb.com/products-and-services/pacbio-systems/workflow/

http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/PacBio_RS_II_Brochure.pdf

Koszt sekwencjonowania biblioteki na pojedynczej SMRT Celli waha sie miedzy 4-7 tyś. PLN w zależności od rodzaju doświadczenia i sumarycznej liczby SMRT Celli użytych do sekwencjonowania

Osoba do kontaktu:       dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka

                                               Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

                                               22 629 32 21 wew. 156

 


 

 

 

Sekwenator kapilarny CEQ8000 (Beckman Coulter)

Sekwenator kapilarny CEQ8000 (Beckman Coulter) (The Capillary Electrophoretic (CE) Genetic Analysis System (CEQ)) umożliwia prowadzenie szeregu najczęściej stosowanych analiz DNA, w tym: analizę sekwencji, analizę wielkości fragmentów, analizę AFLP, wykrywanie heterozygot oraz detekcję SNP. Działanie systemu jest w pełni zautomatyzowane i opiera się na laserowo indukowanej fluorescencji w czterech pasmach spektralnych. Zarówno sekwencjonowanie DNA, jak i analiza wielkości fragmentów wymaga zastosowania odczynników do PCR (DTCS Quick Master Mix) i starterów znakowanych fluorochromami firmy Beckman Coulter (WellRED Oligos).

 

 sekwanator


 

Osoba do kontaktu:                  dr Robert Rutkowski

                                              Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.   

                                              22 629 32 21 wew. 146


Automatyczne stacje pipetujące

               

Microlab Star Line (Hamilton Robotics)

Stacjonarna stacja robocza wykorzystująca wyporność powietrza oraz technologię pipetowania CO-RE. Urządzenie kontroluje działania na każdym etapie procedury - od wprowadzenia prób do ich przetworzenia, gwarantując maximum bezpieczeństwa dla każdej z prób. Umożliwia przetworzenie wielu prób w tym samym czasie, zmniejszając osobowe nakłady czasu pracy i błąd pipetowania
do minimum. Ma bardzo szerokie zastosowanie, tj. izolacja, oczyszczanie DNA, nastawianie reakcji PCR, diagnostyka. Urządzenie opatrzone jest oprogramowaniem zapewniającym kontrolę nad przebiegiem procesu laboratoryjnego.

MiIZ PAN posiada dwie stacje Microlab Star Line: do izolacji DNA i nastawiania reakcji PCR (1) i oczyszczania produktów PCR (2).

 

Osoba do kontaktu:       dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka

                                               Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

                                               22 629 32 21 wew. 156

 

automatycznestacjepipetujace

automatycznestacjepipetujace1

automatycznestacjepipetujace2


             

System MassARRAY

Agena Biosciences (Sequenom)

Dedykowany do wysokoprzepustowej analizy kwasów nukleinowych metodą spektrometrii mas MALDI-TOF (ang. Matrix Assisted Laser Desorption and Ionisation - Time Of Flight). Pozwala rozdzielać oligonukleotydy różniące się masą o 15Da. Aparat może posiadać 4 różne moduły:

  1. moduł Typer do analizy SNP
  2. moduł EpiTyper do metyzacji DNA
  3. moduł QGE do pomiarów ekspresji genów
  4. moduł iSEQ do identyfikacji mikroorganizmów

Instytut posiada pierwszy z nich (Typer). Urządzenie umożliwia multipleksowanie do 40 SNP w jednej próbie.  Wysoka czułość aparatu pozwala analizować mutacje somatyczne,  występujące z  częstością zaledwie 0,1% w 96 próbach jednocześnie. Do przeprowadzenia analizy wystarcza 5 ng DNA.

 

 

spektrometrmasdodna

Osoba do kontaktu:       Prof. dr hab. Tadeusz Malewski

                                              Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

                                               22 629 32 21 wew. 118

 

 


Minolta VI - 9i 3D Laser Scanner

This apparatus is capable of transfer ring a three-dimensional image of a given object (of defined parameters – see limitations) to computer memory.

The scanner operates on the principle of laser triangulation in which the object is scanned with the aid of a line of laser light whose course is followed by a digital camera. The curvature of the line on the object under study is used as the basis for building up the three-dimensional image. The camera also reads off the colour of the object, which can be added to the model in the form of texture.

The object for scanning is placed on a special table and read with the laser as the apparatus rotates through a determined number of degrees. The individual scans are then combined together by reference to characteristic points determined by the operator. 



Possibilities


The scanner does not harm the eyes and so may be used to scan human faces. Depending on the size of the object, it is possible to use one of three objectives whose accuracies are as follows:

TELE XYZ: ±0.05mm/ ±0.10mm
MIDDLE XYZ ±0.10mm/ ±0.20mm
WIDE XYZ ±0.20mm/ ±0.40mm



 

Properties of scanned objects - limitations

  • Transparent surfaces or those reflecting laser light must be covered with powder
  • Deep-black surfaces are the ideal background colour for the scanner and must also be made subject to defined processes.
  • Objects of dimensions greater than 1200/900/750 mm have to be scanned in stages.
  • Objects of very complex shapes and sizes over 2 cm must be considered separately.


Sample scans:

 

     
     
     

 

 


 


3D - PDF files to download

 

 

     
 Pelvis bone (10,0 MB)  Skull (6,5 MB)  Pelvis bone (9,2 MB)
     
 Tiba (3,7 MB) Sacral bone (4,3 MB) Vertebra (2,3 MB)

 

Skaner do mikromacierzy

LS Reloaded (Tecan)

Uniwersalny, konfokalny skaner umożliwiający skanowanie większości mikromacierzy DNA
oraz mikromacierzy białkowych. Skaner wyposażony jest w cztery lasery (635 nm, 532 nm, 488 nm, 594 nm). Rozdzielczość skanowania wynosi od 4 do 40 mkm.

Osoba do kontaktu:       Prof. dr hab. Tadeusz Malewski

                                              Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

                                               22 629 32 21 wew. 118

 

 

skanerdomikromacierzy

Osoba do kontaktu:       Prof. dr hab. Tadeusz Malewski

                                              Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

                                               22 629 32 21 wew. 118

 

 


Image

 

 

Image

 

 

Image

 

Elektronowy Mikroskop Skaningowy HITACHI S-3400N, wyposażony w mikroanalizator rentgenowski EDS 

Podstawowe parametry mikroskopu:

  • mikroskop może pracować w trzech trybach:
    • normalnym (wysoka próżnia - detektor SE, detektor BSE),
    • niskonapięciowym (dla UACC<5kV, UACC<3kV - detektor SE),
    • naturalnym (niska próżnia - detektor BSE),
  • zakres zmian napięcia przyspieszającego od 0.3kV do 30kV,
  • stolik - automatyka w pięciu osiach: X , Y, rotacja 360oC, pochylenie: –20o + 90o i zakres pracy wzdłuż osi Z (FWD – Free Working Distance) od 4 do 60 mm. 
  • komora robocza o średnicy wewnętrznej 215mm,,
  • zakres powiększeń: od 5 x do 300.000x dla WD = 10 mm,
  • Mikroanalizator rentgenowski EDS umożliwia analizę jakościową i ilościową w mikroobszarach, wykonujemy analizę punktowa (tzw. spectrum i point and shoot), analizę liniową (tzw. linescan) i powierzchniową (tzw. mapping).
    Za pomocą mikroskopu skaningowego wykonujemy badania zarówno materiału biologicznego, jak i badania morfologii i topografii metali i ich stopów, materiałów ceramicznych, kompozytowych, polimerów.

    Mikroskop dodatkowo wyposażony jest w:

  • stolik chłodzący (system Peliera),
  • kamerę do obserwacji komory CCD na podczerwień. 

    Urządzenia dodatkowe:

  • urządzenie do suszenia preparatów biologicznych w atmosferze CO2 w punkcie krytycznym (critical point dryer) E3100 „Jumbo”,
  • napylarka jonowa Typ SC7640 (do napylania próbek metalami).

  • Laboratorium oferuje możliwość przygotowania próbek z materiału biologicznego.
    Każde zlecenie traktowane jest indywidualnie, osoby i instytucje zainteresowane współpracą proszone są o kontakt z …

    Dr inż. Magdalena Kowalewska - Groszkowska 
    tel. 22 357-50-01 
    22 357-30-01 

    e-mail: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.


    Przykłady:

    Image

    ImageImage Image
     1DC k_m01
    Enicocephalidae
    F pressilabris samiec
     Image Image Image
    Kokolit 1
    Kokolit 2
    Trissonchulus benepapillosus 
     ImageImage Image 
    Oko komara
    Warstwa fosoranowa na AL
    Trissonchulus benepapillosus 
     ImageImage Image 
     Fragment przewodu pokarmowego ślimaka Ceapea vindobonensis 
     Fragment przewodu pokarmowego ślimaka Ceapea vindobonensis(obraz SE) 
    Ochterus

     ImageImage  Image
    Fragment skrzydła Borysthenes  Patyczak
    Warstwa Ni

    Jakościowe i ilościowe analizy składu chemicznego w mikroobszarze (EDS) oraz mapping obrazu i linescan
     ImageImage 
    Opoka - okolice Bychawy Skorupa ślimaka
    - Helicidae: Cepaea 
     ImageImage 
     Skorupa ślimaka 
    - Helicidae: Cepaea
    Warstwa Ni na warstwie NI-P
    (podłoże Cu) 

    Blue Pippin

    Aparat z grupy Pippin DNA system (Sage Science), służący do elektroforetycznego rozdziału i elucji określonego zakresu długości fragmentów DNA lub cDNA. Usprawnia i optymalizuje procedurę przygotowania bibliotek do sekwencjonowania nowej generacji (NGS), umożliwiając ograniczenie insertów DNA do określonego zakresu długości.

    Dostępne są kasety o różnej procentowości żelu agarozowego, co daje dużą elastyczność wyboru zakresów wielkości przygotowywanych bibliotek.

    Prosty sposób przygotowywania prób do frakcjonowania i ich odzyskania po elucji, pozwala
    na zmniejszenie nakładu pracy związanego z selekcją fragmentów DNA lub cDNA żądanej długości.

     

     

     

    precyzyjnaelektroforeza

    Osoba do kontaktu:

    dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka

    Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

    22 629 32 21 wew. 156

     

    Bioanalyzer (Agilent Technologies)

    Urządzenie bazujące na technologii Microfluidics (łączącej elektroforezę mikrokapilarną, mikropłynów, mikroczipów i detekcji fluorescencyjnej), służące do automatycznej elektroforezy kapilarnej DNA lub RNA. Pomiar urządzenia cechuje wysoka powtarzalność.
    Do jego wykonania wystarczą niewielkie ilości materiału.

    Urządzenie służy do jakościowych i ilościowych analiz DNA lub RNA (w tym określania integralności RNA) jak również do określenia długości poszczególnych frakcji kwasów nukleinowych na podstawie elektroforetogramu.

    Bionalyzer polecany jest przez firmę illumina oraz PacBio® do oceny bibliotek przygotowywanych
    do sekwencjonowania.

    MiIZ PAN poza urządzeniem Bioanalyzer posiada również urządzenia do precyzyjnego pomiaru ilości DNA lub RNA – Quantus™ Fluorometer (Promega) oraz Qubit Fluorometer Quantification (ThermoFisher).

    Osoba do kontaktu:

    dr Hanna Panagiotopoulou-Stawnicka

    Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

    22 629 32 21 wew. 156